根据市政府的统一部署，《〈深圳市人民代表大会常务委员会关于农村城市化历史遗留违法建筑的处理决定〉试点实施办法》（以下简称《实施办法》），今年4月1日起实施，预计一年内完成。
第三大步：区查违办审查及处理
第一轮审查及处理：
区查违办在收到街道办事处移送的材料后，展开第一轮审查，如材料齐全，应在20个工作日内作出下述处理行为。主要分三类，一是不属于处理范围的，直接书面答复申报人；二是对以房地产开发为目的建设的住宅类违建，和1999年3月5日后非原村民所建违法住宅不予确认；三是，除上述两项之外，向规划国土部门发出征询处理意见函。
注意事项：第二类不予确认的违建怎么办？
非原村民所建违法住宅按照相关规定，可以办理临时使用。而如果原村民与非原村民合建的违法住宅，两部分拆分开按不同适用方法处理。而房地产开发为目的建设的住宅类违建，在不能处理确认的同时，也没有办理临时使用的渠道。
第二轮审查及处理：
规划国土部门在收到区查违办征询意见函后，30个工作日内出具相关意见书，其中包括可确认的违建应补缴的地价金额（土地使用期限自2009年6月2日起算）。而区查违办根据上述意见书开展第二轮审查并做出处理。主要也分三类：一，依法应当予以拆除或没收，由区规划土地监察机构依法实施；二，如列入城市更新计划的，核发《简易处理通知书》，违建当事人按要求缴清地价和罚款，即可在城市更新实施过程中视为已确认；三，其他情形的，委托房屋安全鉴定机构进行鉴定，通知当事人向公安消防部门办理消防验收或备案手续，并向区查违办提交相关凭证，如涉及基本生态控制线的向环保、工业、水务等主管部门发出案件处理征询意见函。
注意事项：已列入旧改的违建怎么办？
根据上述规定，已列入旧改拆除重建计划的违建由于行将拆除，不需办理消防等手续，也无需再进入后续核发确认通知、产权登记等手续，当事人只需按《实施办法》缴纳地价和罚款即可视为确认。不过，前提是，该违建不在依法该拆除没收之列。此外，其他的依法批准的房屋征收和土地整备项目中确定拆除范围内的历史违建也参照这个方法处理。
第三轮审查及处理：
根据第二轮审查后的各方意见，区查违办进行第三轮审查及处理（其中环保、工业、水务等主管部门应当分别出具处理意见）。主要分两类，一是在房屋安全通过审查后，不存在重大安全隐患或已整改合格的，出具《拟确认通知书》，并附上罚款、地价、鉴定费用等费用缴纳通知书，转辖区街道办事处送达。二是如有重大安全隐患，整改也无效的，或者位于基本生态线内不能留用的，由区规划土地监察机构依法做出拆除或没收处理。
注意事项：
《拟确认通知书》有效期为1年，当事人应在这个期限内缴纳相关费用，并及时到区查违办办理《确认决定书》。
第四大步：当事人接受分类处理办理相关手续
在区查违办做出上述“拟确认“、“简易处理”、拆除或没收、不予确认等处理结论后，历史违建当事人或管理人按相关规定程序接受处理。
《实施办法》第二十九条规定，当事人或管理人缴纳罚款、地价、鉴定等费用后，申报人持《拟确认通知书》、缴费凭证，到区查违办申请办理《确认决定书》。区查违办应当在申报人提交前款资料后15个工作日内，出具《确认决定书》。随后，申报人应当持《确认决定书》向市房地产权登记中心申请办理房地产初始登记，即取得所谓“绿本”。如符合一定条件的，可进一步办理“红本”。
如果有当事人或管理人不愿意缴费并获取产权的，可以向区政府申请收购。
