绿本、红本不影响居住
有部分经适房业主希望“不缴纳增值收益，只把房地产证换成红本，在证中注明经济适用住房属性”。对此，深圳市住建局相关负责人表示，国家和深圳市经适房政策法规规定，经济适用住房权利人在缴纳增值收益前，是不能取得完全产权的。另外，北京、上海、杭州等城市只有一种颜色的房地产证，为了区分经适房的有限产权和普通商品房的完全产权，这些城市在经适房的房产证内页标注房产性质为经济适用住房，用以限制其权利人不能转让、出租、抵押，实质与深圳的绿本房地产证完全一致。
“一旦办了红本，就意味着房子是可以在市场上流通的商品房，可以转让、出租、抵押等。从政府管理的角度来看，一旦给了红本，以后在市场上的行为就难以监管了。”深圳住房研究会常务副会长陈霭贫表示，保障房的本质是保障低收入人群的居住问题，拥有绿本和红本对居住来说不造成任何影响，而经适房一旦获取商品房产权，就已经脱离了保障房监管体系，假如业主把房屋拿去出售，将导致新一轮的社会公平危机，对保障房体系造成严重影响。
“我本来就是低收入群体，没有交易哪来这么多钱缴纳增值收益？”部分经适房业主表示，上市的前置条件是缴纳增值收益，但对他们来说无力承担。深圳市住建局相关负责人表示，针对此类情况，《办法》中规定了具体解决方案：购买经济适用住房5年后，取得完全产权前，权利人需要转让该住房的，可以自行与买受人确定交易价格，申请上市交易。符合上市交易条件的，可由买受人代为缴纳增值收益后，由权利人和买受人共同申请办理房地产证（红皮）。“也就是说，你先找到买房子的人，让他先出了这笔钱再进行转让。”
如何防止阴阳合同？
交易价与计税价取其高者
根据暂行办法规定，应缴增值收益=【经济适用住房市场价格-经济适用住房原购买价格】×50%-税费（原购经济适用住房的实际发生额）。经适房的市场价格如何确定？深圳市住建局相关负责人表示，申请取得完全产权的，按照申请时该套住房的二手房交易计税价格计算。上市交易的，按照申报的交易价格计算，但申报的交易价格低于申请时该套住房的二手房交易计税价格的，按照二手房交易计税价格计算。
二手房交易计税价格又称存量房交易计税参考价格，是税务部门为加强房地产交易环节税收征管。根据有关规定，对存量房（即二手房）交易成交价格明显偏低且无正当理由的，实行计征各项税款时所采用的价格。深圳市住建局一负责人表示，税务部门的商品房交易计税系统适用已久，在商品房交易市场中运行良好，为市场所肯定。二手房计税价格较真实、客观地反映了住房市场价格水平，具有较高的公信力。此外，商品房交易计税系统较为完备，能够短时间计算出相应经济适用住房的二手房交易计税价格，也有助于提高工作效率。
